В 2001 году епископ Хабаровский и Приамурский Марк своим Распоряжением № 151 от 03.12.2001 г. благословил создание и регистрацию общины в честь пророка Илии в г. Комсомольске-на-Амуре.
16 января 2002 года состоялось Учредительное собрание прихода. Общину составили православные горожане, проживающие в Ленинском округе города, в котором расположено Комсомольское-на-Амуре Авиационное Производственное Объединение имени Ю. Гагарина. Поэтому и было решение именовать приход и храм в честь пророка Илии, покровителя воздухоплавателей. К тому же в селе Пермское, на месте которого построен город Комсомольск-на-Амуре, была церковь в честь пророка Илии, уничтоженная в годы советской власти.
Совместно с Владыкой Марком, генеральным директором завода В.И. Меркуловым и Главой города В.П. Михалевым было выбрано место строительства храма – в сквере на площади Гагарина, напротив главных проходных завода.
4 декабря 2002 года, в день Введения во храм Пресвятой Богородицы, Владыкой Марком в сослужении духовенства города был освящен закладной камень на месте строительства храма. Рядом с храмом построен приходской дом, в котором находятся иконная лавка, классы воскресной школы, трапезная и др.
Проект Храмового комплекса разработан архитектором С.С. Вялкиной, строительство вели строительная фирма «Инфра», генеральный директор Игнатович С.В. и производственный строительно-монтажный кооператив «Авиатор», генеральный директор Минков С.В.
Для сбора средств на строительство храма и для решения текущих вопросов был собран Попечительский совет, который возглавлял Депутат городской думы Евсеев В.П. Большую помощь оказывали и оказывают ОАО КнААПО им. Ю. Гагарина, Администрация Ленинского округа города. Строительство Храмового комплекса велось на добровольные пожертвования от жителей и предприятий города, различных производственных, коммерческих и банковских структур.
В 2006 году был завершен первый этап строительства Храмового комплекса. С 25 ноября 2006 года по благословению архиепископа Хабаровского и Приамурского Марка в храме начались ежедневные богослужения.
Летом 2007 года в храме был установлен пятиярусный иконостас. Тело иконостаса выполнено из современных материалов и покрыто сусальным золотом, иконы написаны в традиционном иконописном стиле.
17 октября 2007 года архиепископ Хабаровский и Приамурский Марк в сослужении духовенства Хабаровской епархии совершил освящение храма святого пророка Илии г. Комсомольска-на-Амуре.
С 2012 года храм получил статус Кафедрального собора Амурской епархии Русской Православной Церкви.
Настоятелем собора является Управляющий Амурской епархией, епископ Амурский и Чегдомынский Николай (Ашимов).
